Described herein in some embodiments is a method comprising: obtaining expression data previously obtained by processing a biological sample obtained from a subject; processing the expression data using a hierarchy of machine learning classifiers corresponding to a hierarchy of molecular categories to obtain machine learning classifier outputs including a first output and a second output, the hierarchy of molecular categories including a parent molecular category and first and second molecular categories that are children of the parent molecular category in the hierarchy of molecular categories, the hierarchy of machine learning classifiers comprising first and second machine learning classifiers corresponding to the first and second molecular categories; and identifying, using at least some of the machine learning classifier outputs including the first output and the second output, at least one candidate molecular category for the biological sample.
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
2.
TECHNIQUES FOR DETECTING HOMOLOGOUS RECOMBINATION DEFICIENCY (HRD)
Techniques for determining whether a sample obtained from a subject includes cells having homologous recombination deficiency (HRD). The techniques include: obtaining data about segments of the subject's genome; identifying a first subset of the segments, the first subset including segments associated with at least one chromosome arm of the genome and having a common copy number; identifying a second subset of the segments, each of the segments of the second subset having (i) a respective copy number different from the common copy number and (ii) a respective length that satisfies a predetermined length criterion; determining a proportion of a number of segments in the second subset to a number of chromosome arms of the at least one chromosome arm; and determining, based on the determined proportion, whether the biological sample includes cells having HRD.
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16B 20/10 - Ploïdie ou détection du nombre de copies
3.
SYSTEMS AND METHODS FOR PREDICTING THERAPY EFFICACY FROM NORMALIZED BIOMARKER SCORES
Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example bladder cancers or urothelial cancers. The disclosure is based, in part, on methods for determining the urothelial cancer (UC) tumor microenvironment (TME) type of a urothelial cancer subject and the subject’s prognosis and/or likelihood of responding to a therapy based upon the UC TME type determination.
G16B 30/10 - Alignement de séquence; Recherche d’homologie
A61K 47/68 - Préparations médicinales caractérisées par les ingrédients non actifs utilisés, p.ex. les supports ou les additifs inertes; Agents de ciblage ou de modification chimiquement liés à l’ingrédient actif l’ingrédient non actif étant chimiquement lié à l’ingrédient actif, p.ex. conjugués polymère-médicament l’ingrédient non actif étant un agent de modification l’agent de modification étant un anticorps, une immunoglobuline ou son fragment, p.ex. un fragment Fc
Techniques for determining a respective cell type for each of at least some of a plurality of cells. The techniques includes: obtaining cytometry data for a biological sample from a subject, the biological sample comprising a plurality of cells including a first cell, the cytometry data including first cytometry data for the first cell; and determining a respective type for each of at least some of the plurality of cells using a hierarchy of machine learning models corresponding to a hierarchy of cell types, the determining comprising determining a first type for the first cell by processing the first cytometry data using a first subset of the hierarchy of machine learning models.
G06V 10/70 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique
G06V 10/774 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant l’intégration et la réduction de données, p.ex. analyse en composantes principales [PCA] ou analyse en composantes indépendantes [ ICA] ou cartes auto-organisatrices [SOM]; Séparation aveugle de source méthodes de Bootstrap, p.ex. "bagging” ou “boosting”
G06V 10/82 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant les réseaux neuronaux
G16H 10/40 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données relatives aux analyses de laboratoire, p.ex. pour des analyses d’échantillon de patient
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
6.
SYSTEMS AND METHODS FOR DECONVOLUTION OF EXPRESSION DATA
Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.
Aspects of the disclosure relate to methods for determining whether or a subject is likely to respond to certain adoptive cell therapies (e.g., chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy, etc.). In some embodiments, the methods comprise the steps of identifying a subject as having a tumor microenvironment (TME) type based upon a molecular-functional (MF) expression signature of the subject, and determining whether or not the subject is likely to respond to a chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy based upon the TME type. In some embodiments, the methods comprise determining the lymphoma microenvironment (LME) type of a lymphoma (e.g., Diffuse Large B cell lymphoma (DLBCL)) subject and identifying the subjects prognosis based upon the LME type determination.
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
A61K 35/17 - Lymphocytes; Lymphocytes B; Lymphocytes T; Cellules tueuses naturelles; Lymphocytes activés par un interféron ou une cytokine
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p.ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
8.
GENE EXPRESSION ANALYSIS TECHNIQUES USING GENE RANKING AND STATISTICAL MODELS FOR IDENTIFYING BIOLOGICAL SAMPLE CHARACTERISTICS
Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
Techniques for using machine learning to estimate tumor expression levels of genes in tumor cells. The techniques include obtaining expression data for a set of genes comprising a first plurality of genes associated with the tumor cells and a second plurality of genes associated with tumor microenvironment cells; determining the tumor expression levels of the first plurality of genes in the tumor cells using a plurality of machine learning models, the determining comprising: generating a first set of features for the first gene; providing the first set of features as input to the first machine learning model to obtain an output comprising a tumor microenvironment expression level estimate of the first gene in the tumor microenvironment cells; and determining a first tumor expression level for the first gene in the tumor cells using the output of the first machine learning model and a total expression level for the first gene.
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
11.
TECHNIQUES FOR SINGLE SAMPLE EXPRESSION PROJECTION TO AN EXPRESSION COHORT SEQUENCED WITH ANOTHER PROTOCOL
Aspects of the disclosure relate to methods for improving compatibility of nucleic acid sequencing data obtained using different techniques. The disclosure is based, in part, on methods for mapping expression levels for genes expressed in a biological sample and obtained from a subject using a first protocol to expression levels as would have been determined through a second protocol if the second protocol were used to process the biological sample instead of the first protocol.
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example renal cell carcinomas such as clear cell renal carcinoma (ccRCC). The disclosure is based, in part, on methods for determining the renal cancer (RC) tumor microenvironment (TME) type (RC TME type) of a renal cancer subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to certain therapies (e.g., immunotherapy or tyrosine kinase inhibitors) based upon the renal cancer type determination.
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
Techniques for identifying a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in the at least some of the plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; and identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject.
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.
Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example lymphomas. The disclosure is based, in part, on methods for determining the tumor microenvironment (TME) type of a lymphoma (e.g., follicular lymphoma) subject and identifying the subject's prognosis based upon the TME type determination.
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
16.
HIERARCHICAL MACHINE LEARNING TECHNIQUES FOR IDENTIFYING MOLECULAR CATEGORIES FROM EXPRESSION DATA
Described herein in some embodiments is a method comprising: obtaining expression data previously obtained by processing a biological sample obtained from a subject; processing the expression data using a hierarchy of machine learning classifiers corresponding to a hierarchy of molecular categories to obtain machine learning classifier outputs including a first output and a second output, the hierarchy of molecular categories including a parent molecular category and first and second molecular categories that are children of the parent molecular category in the hierarchy of molecular categories, the hierarchy of machine learning classifiers comprising first and second machine learning classifiers corresponding to the first and second molecular categories; and identifying, using at least some of the machine learning classifier outputs including the first output and the second output, at least one candidate molecular category for the biological sample.
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
17.
SYSTEMS AND METHODS FOR SAMPLE PREPARATION, SAMPLE SEQUENCING, AND SEQUENCING DATA BIAS CORRECTION AND QUALITY CONTROL
Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
18.
Techniques for determining tissue characteristics using multiplexed immunofluorescence imaging
Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample, obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image, identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values, and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.
G06V 10/74 - Appariement de motifs d’image ou de vidéo; Mesures de proximité dans les espaces de caractéristiques
G06V 10/762 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant le regroupement, p.ex. de visages similaires sur les réseaux sociaux
G06V 10/764 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant la classification, p.ex. des objets vidéo
G06V 10/82 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant les réseaux neuronaux
G06V 10/44 - Extraction de caractéristiques locales par analyse des parties du motif, p.ex. par détection d’arêtes, de contours, de boucles, d’angles, de barres ou d’intersections; Analyse de connectivité, p.ex. de composantes connectées
19.
Tumor microenvironment-based methods for assessing CAR-T and other immunotherapies
Aspects of the disclosure relate to methods for determining whether or a subject is likely to respond to certain adoptive cell therapies (e.g., chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy, etc.). In some embodiments, the methods comprise the steps of identifying a subject as having a tumor microenvironment (TME) type based upon a molecular-functional (MF) expression signature of the subject, and determining whether or not the subject is likely to respond to a chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy based upon the TME type. In some embodiments, the methods comprise determining the lymphoma microenvironment (LME) type of a lymphoma (e.g., Diffuse Large B cell lymphoma (DLBCL)) subject and identifying the subject's prognosis based upon the LME type determination.
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
A61K 35/17 - Lymphocytes; Lymphocytes B; Lymphocytes T; Cellules tueuses naturelles; Lymphocytes activés par un interféron ou une cytokine
C07K 16/28 - Immunoglobulines, p.ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire
20.
Systems and methods for deconvolution of expression data
Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.
Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample, obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image, identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values, and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.
G06K 9/00 - Méthodes ou dispositions pour la lecture ou la reconnaissance de caractères imprimés ou écrits ou pour la reconnaissance de formes, p.ex. d'empreintes digitales
G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
G06T 7/194 - Découpage; Détection de bords impliquant une segmentation premier plan-arrière-plan
G06T 7/174 - Découpage; Détection de bords impliquant l'utilisation de plusieurs images
22.
Systems and methods for identifying cancer treatments from normalized biomarker scores
Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
23.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
24.
Gene expression analysis techniques using gene rankings and statistical models for identifying biological sample characteristics
Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a subject; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject; identifying an MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject; and clustering the plurality of MF profiles to obtain the MF profile clusters.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
27.
Using subject sequencing data and a database of therapy biomarker distributions to determine therapy impact
Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
28.
Display screen or portion thereof with graphical user interface
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a subject; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject; identifying an MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject; and clustering the plurality of MF profiles to obtain the MF profile clusters.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
33.
SYSTEMS AND METHODS FOR GENERATING, VISUALIZING AND CLASSIFYING MOLECULAR FUNCTIONAL PROFILES
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a plurality of subjects, determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for the plurality of subjects, and storing the plurality of MF profiles in association with information identifying the particular cancer type.
G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
G06F 19/26 - pour la visualisation de données, p.ex. production de graphiques, affichage de cartes ou de réseaux ou autres représentations visuelles
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
34.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject at least in part by determining first and second visual characteristics for first and second GUI elements using the data; generating a personalized GUI personalized to the subject using the first and second visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
35.
Systems and methods for predicting therapy efficacy from normalized biomarker scores
Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
36.
Systems and methods for identifying responders and non-responders to immune checkpoint blockade therapy
Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROBO4, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLI1, TIRAP, GSE1, POLR3K, PIGO, MFHAS1, NPIPA1, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIF1, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPA1, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MT1X, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICAL1; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
37.
Using subject sequencing data and a database of therapy biomarker distributions to determine normalized biomarker scores and therapy scores
Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
38.
Using cancer or pre-cancer subject sequencing data and a database of therapy biomarker distributions to determine normalized biomarker scores and generate a graphical user interface
Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
39.
Construction and methods of use of a therapeutic cancer vaccine library comprising fusion-specific vaccines
Methods described herein relate to constructing therapeutic fusion-specific vaccine libraries, selecting a therapeutic fusion-specific vaccine for a cancer patient, and/or constructing a de novo therapeutic fusion-specific vaccine for patients having a gene fusion that is absent from a fusion-specific vaccine library.
A61K 38/16 - Peptides ayant plus de 20 amino-acides; Gastrines; Somatostatines; Mélanotropines; Leurs dérivés
A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
G01N 33/574 - Tests immunologiques; Tests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques; Matériaux à cet effet pour le cancer
A61K 39/39 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps caractérisées par les additifs immunostimulants, p.ex. par les adjuvants chimiques
C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés
40.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
41.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
42.
Using cancer or pre-cancer subject sequencing data and a database of therapy biomarker distributions to determine normalized biomarker scores and generate a graphical user interface
Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
43.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
44.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile using the data; determining sets of visual characteristics for GUI elements using the data; generating a personalized GUI using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
45.
Method for administering a checkpoint blockade therapy to a subject
Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROBO4, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLI1, TIRAP, GSE1, POLR3K, PIGO, MFHAS1, NPIPA1, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIF1, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPA1, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MT1X, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICAL1; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
46.
Systems and methods for identifying cancer treatments from normalized biomarker scores
Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
47.
Systems and methods for generating, visualizing and classifying molecular functional profiles
Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
48.
Systems and methods for identifying cancer treatments from normalized biomarker scores
Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.
G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques